Tak zwany Skarbiec Kopernika znajduje się w Collegium Maius UJ. Skrywa obiekty przypominające o astronomie. Niektóre eksponaty przybliżają nieznane szerszemu gronu fakty związane z postacią wybitnego uczonego.

Wiek XV zaznaczył się w dziejach uniwersytetu krakowskiego bujnym rozwojem nauk matematyczno-astronomicznych. Wśród licznie przybywających do miasta studentów z kraju i z państw sąsiednich byli Mikołaj i Andrzej Kopernikowie. Na ścianie w pokoju widnieje kopia fragmentu listy immatrykulacyjnej z 1491 r., na której znajdziemy imiona braci. Studiowali oni na Wydziale Filozofii, zwanym też Wydziałem Sztuk Wyzwolonych.

Tak zwany Skarbiec Kopernika mieści się w części muzealnej Collegium Maius, funkcjonuje jako wystawa stała i przez cały rok jest dostępny dla zwiedzających.

Do wyjątkowo cennych przyrządów prezentowanych w tej sali należą dary profesora Marcina Bylicy z Olkusza: arabskie astrolabium z Kordoby (1054 r.) oraz zestaw trzech instrumentów z końca XV w.: astrolabium, torquetum oraz globus nieba. Darczyńca był nadwornym astrologiem i lekarzem króla węgierskiego Macieja Korwina w Budzie. Instrumenty przybyły do Krakowa w 1493 r., w czasie, gdy Mikołaj Kopernik był studentem uniwersytetu. Istnieje duże prawdopodobieństwo, iż mógł je widzieć.

Wśród ciekawych zbiorów w Collegium Maius jest np. oprawione w ramę zdjęcie Ziemi, wykonane z Księżyca, a podarowane Collegium Maius przez pierwszego człowieka, który stanął na srebrnym globie, Neila Armstronga. Amerykański astronauta ofiarował zdjęcie Collegium Maius podczas wizyty w Krakowie, z okazji 500. urodzin tego, który "wstrzymał Słońce, ruszył Ziemię". Pod fotografią Armstrong napisał dedykację, określającą Kopernika "Gigantem".

W Skarbcu Kopernika zwiedzający obejrzą także faksymile manuskryptu Mikołaja Kopernika „O obrotach sfer niebieskich” (De revolutionibus orbium coelestium). Dzieło to Uniwersytet Jagielloński pozyskał od władz Czechosłowacji w latach 60. w drodze wymiany – Polacy przekazali południowym sąsiadom kilka dzieł znanego czeskiego pedagoga Jana Amosa Komeńskiego.